So với kháng thể của động vật có vú, kháng thể IgY có nhiều lợi thế hơn trong chiết xuất kháng thể đích và ứng dụng của chúng trong phân tích sinh hóa. Do kháng thể được chiết xuất từ lòng đỏ trứng gà mái đẻ, phương pháp sản xuất kháng thể không can thiệp. Do đó, không cần phải lấy máu từ động vật để chiết tách huyết thanh.

Lượng kháng thể thu được trong lòng đỏ trứng gà tăng lên đáng kể theo thời gian một con gà đẻ trứng lặp đi lặp lại. Phản ứng chéo của kháng thể IgY với protein trong động vật có vú cũng íthơn rõ rệt so với kháng thể IgG. Hơn nữa đáp ứng miễn dịch chống lại kháng nguyên nhất định trên loài gà thể hiện mạnh hơn trong thỏ và động vật có vú khác.

Trong số các loại kháng thể tăng lên trong quá trình đáp ứng miễn dịch, chỉ có kháng thể IgY được tìm thấy trong trứng gà. Do đó, sản xuất kháng thể từ trứng gà sẽ không bị nhiễm lẫn IgA hoặc IgM. Sản lượng kháng thể IgY từ trứng gà ngang bằng với lượng kháng thể IgG cótrong huyết thanh thỏ.

Một bất lợi của kháng thể IgY, so với kháng thể trong động vật có vú, là việc phân tách IgY từ lòng đỏ trứng khó hơn so với phân tách kháng thể IgG từ huyết thanh động vật. Khó khăn này chủ yếu là do IgY không thể được gắn với Protein A và Protein G. Do đó nó không thể phân tách khỏi các thành phần khác trong thí nghiệm, ví dụ như các protein khác. Thêm vào đó, lipid và lipoprotein trong lòng đỏ trứng cũng cần phải loại bỏ.[7] Mặt khác, huyết thanh có chứa kháng thể đôi lúc có thể sử dụng trực tiếp cho các phân tích hóa sinh mà không cần phải qua các bước phân lập phức tạp.